Мне кажется, что в тексте есть как минимум одно вполне однозначное для Стругацких указание на то, что сами авторы тяготеют к первому варианту: Странники спасали детей. Оставшиеся жители планеты открытым текстом говорят: когда люди стали прятаться, "подземные жители" стали отлавливать детей и уводить. Можно, конечно, трактовать и так: лишали популяцию будущего. Но обычно у Стругацких дети - воплощение чистоты и их уводят в лучший мир. Так в "Гадких лебедях". На похожее намекается в финале "Хищных вещей века".
Так что, полагаю, Странники все же реализовали на "Надежде" нечто вроде проекта "Ковчег".